Banyumas bukanlah sebuah desa yang tumbuh menjadi kota, namun dibangun langsung ke sebuah kota pada abad keenam belas oleh Adapati (bupati) Mrapat. Banyumas sebagai pusat kekuatan baru adalah oposisi biner toponim Toyareka setelah pindah dari Wirasaba. Saat itu, Banyumas hanya dihuni oleh bupati sampai awal abad ke-19.

Pusat itu kemudian dipindahkan kembali ke tempat yang sekarang dikenal sebagai Banyumas tua dan tetap di sana sampai tahun 1937.

Bupati Sudjiman Mertadiredja Gandasubrata kemudian memindahkan ibu kota Karesidenan dan Kabupaten Banyumas ke Purwokerto, meninggalkan Banyumas – yang pernah menjadi kota terbesar di kediaman , sama seperti ibu kota kawedanan atau kecamatan (kotamadya).